Город основан 16 (27) мая 1703 первым российским императором, а в то время царем Петром I. Этим днём датируется закладка царём-реформатором Петропавловской крепости — первого здания города — в устье реки Невы на Заячьем острове.
Новому городу Пётр I придавал важное стратегическое значение для обеспечения водного пути из России в Западную Европу. Здесь, на стрелке Васильевского острова, напротив Петропавловской крепости, был основан первый торговый порт Санкт-Петербурга.
С 1712 по 1918 год город являлся столицей Российской империи (за вычетом времени правления Петра II, когда статус столицы ненадолго вернулся к Москве) и резиденцией Российских императоров.
В 1719 году в Санкт-Петербурге был открыт первый в России публичный музей — Кунсткамера, в 1724 году основана Петербургская Академия наук.
В начале XX века город пережил три революции: в 1905—1907 годах, Февральскую и Октябрьскую революции 1917 года.
1 августа 1927 года вошёл в состав и стал центром вновь образованной Ленинградской области. В декабре 1931 года был выведен из состава области и преобразован в город республиканского подчинения.
В годы Великой Отечественной войны город выдержал 900-дневную блокаду немецкими и финскими войсками.
12 июня 1991 года городу было возвращено его первоначальное наименование — Санкт-Петербург.